วันที่ 15 พฤษภาคม 2559 นายวิษณุ เครืองาม รองนายกฯ กล่าวถึงกรณี สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) เสนอให้กระทรวงการคลัง ในฐานะผู้เสียหาย ยื่นเรื่องให้ศาลปกครองกลางพิจารณา คดีบ่อบำบัดน้ำเสียคลองด่านใหม่ ว่า ตนในฐานะคนในรัฐบาล ไม่ขอพูดในเรื่องนี้ สตง. จะพูดอะไรให้พูดไปก่อน แต่รัฐบาลในฐานะผู้ต้องจ่ายเงิน จะพูดอะไรให้เกิดความเข้าใจในรูปคดีว่า รัฐบาลเบี่ยงบ่ายไม่ชำระหนี้ไม่ได้ เพราะเรายินดีและเต็มใจในการชำระหนี้ ตอนนี้ยังเร็วไปที่รัฐบาลจะพูดอะไรในขณะนี้ ส่วนจะบอกความชัดเจนเมื่อไหร่นั้นตนไม่รู้

          ถามย้ำว่า แนวทางของ สตง. เป็นหนึ่งแนวทางที่ได้มีการเสนอในการประชุมหน่วยงานที่เกี่ยวข้องพิจารณาเรื่องดังกล่าว เมื่อสัปดาห์ที่ผ่านมาหรือไม่ นายวิษณุ ตอบว่า ได้มีการหยิบยกเรื่องนี้มาพูดกัน แต่เรายังไม่ขอแสดงท่าที ทั้งนี้ตามมาตรา 75 ของ พ.ร.บ.จัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง มีการเปิดช่องว่าเมื่อคดีถึงที่สุด หากคู่กรณี ผู้มีส่วนได้เสีย ผู้ได้รับผลกระทบ มีเหตุหลักฐานพยานข้อเท็จจริงใหม่ สามารถร้องขอต่อศาลเพื่อให้พิจารณาคดีใหม่ได้ ซึ่งขณะนี้ทราบว่า นายประพัฒน์ ปัญญาชาติรักษ์ อดีตรมว.ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ในฐานะผู้ได้รับผลกระทบได้ยื่นคำร้องให้ศาลปกครองพิจารณาใหม่แล้ว