เมื่อวันที่ 4 ก.พ.2560 ผู้สื่อข่าวรายงาน ว่า ทางบริษัท การบินกรุงเทพ จำกัด (มหาชน) ในฐานะเจ้าของกรรมสิทธิ์สนามบินสมุย ขอชี้แจง กรณีที่ปรากฏเป็นข่าวในสื่อมวลชนเกี่ยวกับที่ดินบางส่วนของสนามบินสมุยอาจมีการทับซ้อนที่สาธารณะว่า สนามบินสมุยได้เปิดให้บริการ มาตั้งแต่พ.ศ. 2532 ซึ่งเป็นเวลาเกือบ 30ปีแล้ว โดยก่อนที่จะดำเนินการก่อสร้างบริษัทฯ ได้นำส่งเอกสารสิทธิ์แสดงการมีกรรมสิทธิ์หรือสิทธิครอบครองในพื้นที่ที่จะดำเนินการก่อสร้างสนามบินสมุย ไปยังกรมการบินพาณิชย์ (ชื่อเรียกในขณะนั้น) และหน่วยงานราชการที่เกี่ยวข้อง เพื่อตรวจสอบและออกใบอนุญาตให้บริษัทฯ ดำเนินการก่อสร้างได้ต่อมาในพ.ศ. 2542 บริษัทฯ ได้เช่าที่ดินราชพัสดุจากกรมธนารักษ์ เพื่อใช้เป็นพื้นที่เขตความปลอดภัยตามพ.ร.บ.การเดินอากาศ พ.ศ.2497 เพิ่มเติมจากเขตความปลอดภัยเดิมที่มีอยู่

โดยที่ดินราชพัสดุที่เช่าไม่ได้อยู่หรือเกี่ยวข้องกับบริเวณที่ตั้งรันเวย์และเขตขอบทางวิ่ง รวมทั้งไม่มีแนวเขตติดกับที่ดินของบริษัทฯ และมีลำคลองกั้นอยู่ โดยตั้งอยู่ห่างจากปลายรันเวย์ไปอีกกว่า100เมตร และไม่มีทางวิ่งหรือสิ่งปลูกสร้างที่เกี่ยวข้องกับการปฏิบัติการบินสำหรับประเด็นว่า ที่ดินที่กรมธนารักษ์ทำสัญญาเช่ากับบริษัทฯ นั้นเป็นที่สาธารณะหรือไม่ เป็นกรณีที่หน่วยราชการที่เกี่ยวข้องคงจะได้หารือและสรุปกัน บริษัทฯ พร้อมที่จะให้ข้อมูล หากได้มีการแจ้งมายังบริษัทฯ เพื่อไปให้ข้อมูล และท้ายสุดเมื่อมีข้อสรุปประการใด บริษัทฯ ยินดีปฏิบัติตามกฎหมายทุกประการ

ส่วนกรณี ปปช.ชี้มูลว่ามีการออกโฉนดที่ดินบริเวณพรุบางรักษ์มีความคลาดเคลื่อนนั้น บริษัทฯ ขอชี้แจงว่า ได้นำเอกสาร น.ส.3 และ น.ส.3 ก.ที่ซื้อมาจากเจ้าของที่ดินเดิม ไปขอออกเป็นโฉนดที่ดิน ซึ่งบริษัทฯ ได้ดำเนินการถูกต้องตามระเบียบราชการอย่างไรก็ตามบริษัทฯ มีความพร้อมที่จะให้ความร่วมมือกับหน่วยงานราชการ ในการตรวจสอบเพื่อให้ความจริงกระจ่างแก่สังคม และพร้อมปฏิบัติตามกฎหมายทุกประการ

ทั้งนี้ บริษัทฯ ขอยืนยันว่าสนามบินสมุยยังคงเปิดให้บริการแก่ผู้โดยสารตามปกติ