อย่างไรก็ตาม เพื่อเป็นการป้องกันไม่ให้มีศัตรูพืชกัดกินติดไปกับทุเรียนส่งออกและไม่ให้ทุเรียนด้อยคุณภาพหรือไม่ได้มาตรฐาน เช่น ทุเรียนอ่อน หลุดออกไปสู่ประเทศปลายทาง กรมวิชาการเกษตรจึงได้กำหนดมาตรการควบคุม ตรวจสอบ และออกใบรับรองสุขอนามัยพืชสำหรับการส่งออกทุเรียนสดไปต่างประเทศ โดยเบื้องต้นได้สั่งการให้ด่านตรวจพืชดำเนินการตรวจสอบทุเรียนนอกฤดูส่งออกเข้มงวดมากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะการตรวจสอบโรงคัดบรรจุที่ได้รับการรับรองและขึ้นทะเบียนมาตรฐานการผลิต (จีเอ็มพี) หากพบไม่ปฏิบัติตามข้อกำหนดจะดำเนินการลงโทษตามลำดับคือ แจ้งเตือน พักใช้ และเพิกถอนใบอนุญาตทันที.