ระบบการศึกษาในระดับอุดมศึกษาหรือมหาวิทยาลัยของไทย กล่าวได้ว่าน่าจะยุ่งเหยิงที่สุดในโลก เพราะแต่ละแห่งมีความแตกต่างกันทั้งในรูปแบบและลักษณะการบริหาร มีการใช้กฎหมายคนละฉบับก่อให้เกิดปัญหามากมาย จนในที่สุด คสช.ต้องใช้อำนาจพิเศษเข้ามาจัดการเรื่องนี้

เป็น คำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 39/2559 เรื่อง การจัดระเบียบและแก้ไขปัญหาธรรมาภิบาลในสถาบันอุดมศึกษา ซึ่งจะยกประเด็นที่สำคัญมาให้ดูกันชัดๆ เริ่มด้วยคำปรารภที่ว่า

ตามที่ปรากฏข้อเท็จจริงว่า สถาบันอุดมศึกษาบางแห่งเปิดการสอนและจัดการศึกษาทั้งในและนอกสถานที่ตั้งโดยใช้หลักสูตรที่ไม่เป็นไปตามเกณฑ์มาตรฐาน ผลิตบัณฑิตที่มีปัญหาด้านคุณภาพและไม่สอดคล้องกับความต้องการของประเทศ ซึ่งสภาสถาบันอุดมศึกษาแห่งนั้นไม่สามารถแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นได้อย่างมีประสิทธิภาพ

นอกจากนี้ สภาสถาบันอุดมศึกษา บางแห่งอาศัยอำนาจและช่องว่างทางกฎหมายดำเนินการในลักษณะที่ส่อเจตนาแสวงหาประโยชน์ส่วนตน หรือเพื่อให้คงอยู่ในตำแหน่งต่อไป มีการกลั่นแกล้งฝ่ายตรงข้าม จนกระทั่งเกิดปัญหาร้องเรียนและฟ้องร้องทางคดีเป็นจำนวนมาก ทำให้เป็นอุปสรรคต่อการดำเนินการตามอำนาจหน้าที่และการขับเคลื่อนการปฏิรูปการศึกษา

แม้ สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา และ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ได้พยายามใช้กลไกทางกฎหมายที่มีอยู่ในปัจจุบันให้สถาบันอุดมศึกษาดังกล่าวแก้ไข ทบทวน หรือดำเนินการใหม่ในเรื่องต่างๆ แล้วแต่ไม่อาจทำให้ปัญหาคลี่คลายได้โดยเร็ว การดำเนินการของสถาบันอุดมศึกษาเหล่านี้จึงไม่สอดคล้องกับหลักธรรมาภิบาล และส่งผลกระทบต่อคุณภาพการศึกษาของประเทศโดยตรง

ดังนั้น เพื่อให้สอดคล้องกับแนวทางการปฏิรูปการศึกษาของรัฐบาลและธำรงไว้ซึ่งความเป็นสถาบันทางวิชาการชั้นสูงของสถาบันอุดมศึกษาแต่ละแห่ง จึงจำเป็นต้องแก้ไขสถานการณ์ความไม่ถูกต้องและไม่ชอบธรรมของการดำเนินการของสถาบันอุดมศึกษาให้เกิดประสิทธิภาพ และสร้างความมั่นใจให้แก่สังคมโดยรวมต่อไป

อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 44 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช 2557 หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ โดยความเห็นชอบของคณะรักษาความสงบแห่งชาติ จึงมีคำสั่งที่มีสาระสำคัญเป็นประเด็นหลักอยู่สองประการคือ

หนึ่ง ในกรณีที่ปรากฏว่าการดำเนินการเพื่อให้ได้มาซึ่งผู้ดำรงตำแหน่งนายกสภาสถาบันอุดมศึกษา กรรมการสภาสถาบันอุดมศึกษา หรืออธิการบดี ก่อให้เกิดความขัดแย้ง ขัดต่อความสงบเรียบร้อย หรือศีลธรรมอันดีของประชาชน หรือฝ่าฝืนบทบัญญัติแห่งกฎหมาย

ให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการมีอำนาจยับยั้งการแต่งตั้งหรือการดำเนินการเพื่อให้ได้มาซึ่งผู้ที่จะดำรงตำแหน่งดังกล่าว

สอง ผู้ดำรงตำแหน่งนายกสภาสถาบันอุดมศึกษาจะดำรงตำแหน่งนายกสภาสถาบันอุดมศึกษาในเวลาเดียวกันเกินสามแห่งไม่ได้ และไม่มีสิทธิได้รับค่าตอบแทน เบี้ยประชุม หรือสิทธิประโยชน์อื่นใดนอกเหนือจากในฐานะนายกสภาสถาบันอุดมศึกษาหรือกรรมการสภาสถาบันอุดมศึกษา จากสถาบันอุดมศึกษาแห่งนั้น เว้นแต่เป็นไปตามระเบียบหรือหลักเกณฑ์ที่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการกำหนดหรือให้ความเห็นชอบ

นอกจากนั้น เป็นรายละเอียดเกี่ยวกับการให้อำนาจรัฐมนตรีดำเนินการเมื่อมีปัญหาโดยสามารถยับยั้งการรับนิสิตนักศึกษา ปิดหลักสูตร ยุติการจัดการศึกษาได้ด้วย ซึ่งจะได้นำมาถกแถลงกันในสัปดาห์หน้า.

“ซี.12”