สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะ พร้อมด้วย สมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะ แห่งญี่ปุ่น ทรงเริ่มปฏิบัติพระราชกรณียกิจในการเสด็จฯ เยือนประเทศในแถบเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ โดยเริ่มจากประเทศเวียดนาม ในวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2560 ทั้งสองพระองค์จะทรงประทับอยู่ที่ประเทศเวียดนาม จนถึงวันที่ 5 มีนาคม 2560 หลังจากนั้นจะเสด็จฯ โดยเครื่องบินจากเมืองเว้ มายังกรุงเทพมหานคร ประเทศไทย ในช่วงบ่ายของวันที่ 5 มีนาคม 2560 จะทรงวางพวงมาลา ถวายพระราชสักการะพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชและ ลงพระนามในสมุดหลวงแสดงความอาลัย ณ พระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท พระบรมมหาราชวัง หลังจากนั้นเข้าเฝ้าฯสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณบดินทรเทพยวรางกูร ในการพระบรมราชปฏิสันถาร ณ พระที่นั่งอัมพรสถาน พระราชวังดุสิต

สำนักพระราชวังอิมพีเรียลของญี่ปุ่น ได้แจ้งหมายกำหนดการสมเด็จพระจักพรรดิอากิฮิโตะ และสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะแห่งญี่ปุ่นจะเสด็จพระราชดำเนินเยือนราชอาณาจักรไทย โดยจะประทับเป็นเวลา 1 คืน โอกาสนี้จะเสด็จพระราชดำเนินทรงวางพวงมาลาถวายพระราชสักการะพระบรมศพ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ซึ่งสมเด็จพระจักรพรรดิ และสมเด็จพระจักรพรรดินีทรงระลึกถึงความสัมพันธ์ฉันญาติมิตรมายาวนานกว่า 50 ปี

ทั้งนี้ สำนักพระราชวังอิมพีเรียลของญี่ปุ่น ได้ออกแถลงการณ์ว่า สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะแห่งญี่ปุ่น และสมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะ ทรงไว้ทุกข์ให้ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ตั้งแต่วันพฤหัสบดีที่ 13 ตุลาคม ที่ผ่านมา และทั้งสองพระองค์ทรงตั้งพระราชหฤทัยทรงไว้ทุกข์เป็นเวลา 3 วัน

ขณะเดียวกันเมื่อวันที่ 14 ตุลาคม 2559 นายกรัฐมนตรีชินโสะ อาเบะ แห่งญี่ปุ่น ได้เดินทางไปยังสถานเอกอัครราชทูตไทย ณ กรุงโตเกียว เพื่อลงนามในสมุดถวายความอาลัยต่อการเสด็จสวรรคตของ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทั้งนี้ ราชวงศ์ญี่ปุ่นมีสายสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดแนบแน่นกับราชวงศ์ไทย โดย สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะ และ สมเด็จพระจักรพรรดินีมิชิโกะ ยังทรงเป็นพระสหายกับ พระบาทสมเด็จพระปรมิทนทรมหาภูมิพลอดุลยเดช มานานกว่าครึ่งศตวรรษ จวบจนมาถึงปัจจุบัน

นอกจากนี้ ในโอกาสวันเฉลิมพระชนมพรรษา สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะแห่งญี่ปุ่น วันที่ 20 ตุลาคม 2559 ที่ผ่านมาทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้คณะสื่อมวลชนญี่ปุ่นเข้าเฝ้าฯ พระราชทานสัมภาษณ์ โดยความตอนหนึ่งทรงมีพระราชปรารภถึง พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ด้วยความระลึกถึงตอนหนึ่งว่า…“เมื่อเดือนตุลาคม 2559 ที่ผ่านมา พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชเสด็จสวรรคต โดยเมื่อปีคริสต์ศักราช 1963(ปีโชวะที่ 38) ข้าพเจ้าได้พบพระองค์เป็นครั้งแรก เมื่อครั้งเสด็จฯทรงเยือนประเทศญุี่ปุ่นในฐานะพระราชอาคันตุกะ

ในปีถัดมาในฐานะผู้แทนพระองค์ สมเด็จพระจักรพรรดิโชวะก็ได้ไปเยือนประเทศไทย พร้อมด้วยสมเด็จพระจักรพรรดินี ก็ได้รับการต้อนรับอย่างอบอุ่นจากพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชและสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถในรัชกาลที่ 9 และได้พาข้าพเจ้าเสด็จฯไปจังหวัดเชียงใหม่และจังหวัดอื่นๆ ด้วย และข้าพเจ้าก็ได้รับกราบทูลเชิญให้ไปร่วมฉลองพระราชพิธีครองสิริราชสมบัติครบ 60 ปีของพระองค์ เป็นการเจริญสัมพันธไมตรีให้แน่นแฟ้นยิ่งขึ้น เป็นช่วงเวลาที่อยู่ในใจข้าพเจ้าเสมอ”

อีกทั้ง ยังได้ทรงเขียนข้อความระลึกถึง พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ว่า “ในค่ำวันที่ 13 ตุลาคม ซึ่งฉันกำลังเริ่มเขียนตอบจดหมายของผู้สื่อข่าว ฉันได้รับข่าวอันน่าเสียใจเรื่องการเสด็จสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ของประเทศไทย พระองค์ทรงมีอายุมากกว่าฉัน 6 หรือ 7 ปี และทรงให้ความกรุณาต่อฉันเสมือนพี่ชายผู้แสนดีตั้งแต่ฉันยังอายุ 20 กว่าปี ฉันได้ทราบข่าวเรื่องการประชวรของพระองค์และหวังมาตลอดที่จะมีโอกาสได้พบพระองค์อีกสักครั้ง ฉันขอแสดงความเสียใจมายังสมเด็จพระบรมราชินีนาถ ในรัชกาลที่ 9 และพระราชวงศ์ไทยทุกพระองค์รวมทั้งประชาชนชาวไทย ด้วยความอาลัยอย่างยิ่ง”

อย่างไรก็ตาม ราชวงศ์ของญี่ปุ่นและไทยมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกันมาตลอด พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชทรงรู้จักกับสมเด็จพระจักรพรรดิองค์ปัจจุบันของญี่ปุ่น ตั้งแต่ยังทรงดำรงพระอิสริยยศเป็นมกุฎราชกุมาร สมาชิกราชวงศ์ของทั้งสองประเทศ มีการเสด็จฯ เยือนซึ่งกันและกันอย่างต่อเนื่อง ทั้งในระดับทางการและการส่วนพระองค์ ความใกล้ชิดนี้เป็นส่วนสำคัญให้ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศไทยและญี่ปุ่นเป็นอย่างแนบแน่นจนถึงระดับประชาชน เช่น เมื่อครั้งสมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโตะ ดำรงพระอิสริยยศมกุฎราชกุมารได้เสด็จมายังประเทศไทย และทรงทูลเกล้าฯ ถวายปลานิลจำนวน 50 ตัว แด่ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชเมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ.2508 ซึ่งพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ครั้งนั้นได้โปรดเกล้าฯ ให้ทดลองเลี้ยงปลานิลในบ่อสวนจิตรลดา เป็นหนึ่งโครงการในโครงการส่วนพระองค์สวนจิตรลดา ซึ่งการทดลองเลี้ยงนับว่าประสบความสำเร็จอย่างยิ่งจนปัจจุบัน ปลานิลกลายเป็นหนึ่งในปลาเศรษฐกิจที่สำคัญชนิดหนึ่งของประเทศไทย